行政院版草案強調行政自我監督，以行政院及總統府為主的國家安全審查機制審查兩岸協議，簽署前海基會應獲得行政院授權。草案並要求行政機關主動提供國會及人民足夠的資訊，以提升透明度，但草案本身並沒有規定如果行政機關疏於提供足夠的資訊時，立法院及人民如何請求行政機關主動提供資訊、以及行政機關未提供資訊時的法律效果；另外，基於權力分立考量，政院版草案並沒有像歐盟美國的制度一樣、使立法院可以直接監督談判的機制，政院版草案採用的是「行政機關自我監督」之機制。最後，立法院只有在協議文本「形式上直接牴觸現行國內法」或「行政機關欠缺國內法律授權而從事協議事務」時方能實質審查協議文本，其餘協議均準用行政命令之程序規定–形式上備查。
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(圖為行政院院會)
我國長期就締結條約及協定之訂定缺乏法律監督機制，此立法缺失因服貿協議爭議而引起人民關注。在我國長期以來將「國際條約」及「兩岸協議」分開處理的操作下，如何建立我國與對岸締結協議的監督機制，成為近期立法院的工作焦點。根據聯合報報導，現已有7個草案版本進入立法院進行併案審查（學生退場 兩岸監督條例7版本上場, 2014/04/09 ）。其中最受矚目者莫過於代表政府立場的行政院、及佔領立法院之學運與社運團體所推動的民間版。由於篇幅，本文僅就行政院版之「台灣地區與大陸地區訂定協議處理及監督條例」進行說明。（以下若未指明，監督條例係指行政院版之台灣地區與大陸地區訂定協議處理及監督條例。）
行政院 ｜ 台灣地區與大陸地區訂定協議處理及監督條例
民間版 ｜ 兩岸協定締結條例
民進黨團 ｜ 臺灣與中國締結協議處理條例
立委鄭麗君等25人 ｜ 臺灣與中國簽署條約及協議處理條例
立委姚文智等21人 ｜ 臺灣與中國締結協議處理條例
立委李應元等16人 ｜ 兩岸協議監督條例
台聯黨團 ｜ 臺灣與中國締結協議處理條例
草案設計背景
建議先閱讀：為什麼條約由行政院簽署，卻又要立法院批准？
根據「臺灣地區與大陸地區訂定協議處理及監督條例草案總說明」之前言可以得知，政院版草案係立於兩大憲法原則加以訂定：「權力分立原則」：行政機關負責決策與執行、立法機關職責在立法與議決，及「主權在民」之憲政原則：人民知的權利應受保障。政院版監督條例將協議締結分為：「協商議題形成階段」、「協商議題業務溝通階段」、「協議簽署前階段」、「協議簽署後階段」，分別要求行政機關主動向立法院及社會大眾進行溝通及諮詢，以落實立法院及社會大眾對兩岸協商過程及協議內容之監督。
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（上圖為行政院草案程序綜覽圖）
人民參與及國會監督之方式
首先是監督條例草案針對人民參與，在第7條規定行政機關應主動以出席或辦理各項說明會、座談會、協調會或公聽會等方式，在不同階段提供人民不同程度的資訊，並與人民適度協商規劃。而該法案並沒有提到人民在什麼情況下，可以要求行政機關公開資訊。其中特別規定，當兩岸協議草案經國家安全審查機制審查無危害國家安全之虞後，應舉辦公聽會*。
* 公聽會與聽證會並不相同。民間版草案有要求使用聽證會制度，因此在此先特別提出說明。與公聽會相較，兩者均為政府為做成政策決定可用來考察人民意見的方式，其中公聽會用於廣泛蒐集人民意見，程序較為寬鬆，比較像是一般的座談會；相反地，聽證會則是以接近司法程序般嚴格的方式，使當事人可以按照程序規定陳述意見、提出證據，甚至對政府人員提出問題、進行辯論，目的在於使權利受到重大影響的人民可以充分、有效的陳述意見，但因為程序繁雜，如果任何行政程序都用聽證，勢必會提高行政成本，因此只有對人民權利或公共利益有重大的行政程序才適合用聽證會。（許宗力，行政程序的透明化與集中化，全國律師，第2卷第6期，頁69以下）