依據美國精神醫學學會（APA）的介紹，跨性別者（Transgender；TG）指的是出生時經由性器官等特徵判斷加以賦予的生理性別（Sex），與其性別認同（Gender Identity）不符的人。在這個定義下，如果一個人出生時被判斷為男性，但認為自己是女性，這個人就會被認為是一位跨性別女性。
跨性別者承受「性別不安」的情況，可能會誘發焦慮及憂鬱症，2015 年，美國作出一份跨性別者調查報告，顯示近 ４ 成的跨性別受訪者有嚴重精神困擾，是美國總人口罹患比例的 8 倍。
有相關研究顯示，使跨性別者獲得「法律上的性別承認」，能有效減緩性別相關不公對待及其引起的負面心理表現。然而，在內政部尚未更改函釋的情況下，現行性別變更登記仍維持「先術換證」，可能使跨性別者持續承受社會風氣及人際交往帶來的心理壓力及焦慮。
但是器官摘除手術受限於個人身體條件，並非所有跨性別者均適於實施，或者能進行手術的醫療場所，例如私人診所可能無法應付為感染 HIV 或 Ｃ 型肝炎的跨性別者進行手術時的併發症，又例如煙癮、糖尿病、血液凝固異常、體重過重及肥胖症等情形，也會增加麻醉及併發症風險。
器官摘除手術及其附加手術要價不菲，形成難以跨越的經濟門檻，跨性別女性摘除男性生殖器官、改造成女性生殖器官及隆乳手術，費用約 35 萬；跨性別男性摘除女性生殖器官及乳房、增加人性男性生殖器官，費用約 60 至 85 萬，台灣性別重置手術最權威的王茂山醫師及沈秉輝醫師則分別要價 30 萬及 25 萬以上。
__「先術換證」的規定，也與國際人權趨勢相抵觸。__
2014 年，CEDAW 公約第二次國際審查的結論性意見與建議第 34 點提及：「性別認同是基本人權，且無必要強迫或要求摘除生殖器官。」
2017 年，兩公約第二次報告，專家提出的第 72 點建議表示：「在跨性別者方面，委員會建議政府以法律明文承認跨性別者自由選擇的性別認同，不受非必要的限制。」
2017 年歐洲人權法院也判決法國要求換證必須具備「不可逆的外觀改變（手術）」此一要件，已違反歐洲人權公約第 8 條關於保障私人生活的規定。
但對於「免術換證」制度提出質疑者亦不在少數，理由也相當充分。廁所、監獄、湯池⋯⋯，諸如此類傳統上以生理性別進行區隔的空間，跨性別者得基於合法身份進入其中，一旦性別轉換登記缺乏置換手術門檻，就提高了被有心人士濫用制度的可能，從而增加被騷擾或傷害的風險。
另一方面，保障女性權益的制度，也可能會因為跨性別女性的進入，擠壓原本女性享受福利的空間。
公平是運動競賽的基礎精神，過去以生理性別區分比賽，是因為生理男性在肌肉含量等身體素質具備先天優勢，為使女性得基於相同先天條件相互競爭，給予表現卓越者獎學金及免試入學的機會，提升女性社會地位而設，跨性別者本身，帶有相異性別的身體條件，是否應納入以二元性別區分的比賽已有疑慮，「免術換證」更會讓有心人趁虛而入，徹底破壞賽事公平。
跨性別者的困境
與同性戀者一樣，跨性別者的行為表現過去被認為是一種疾病。世界衛生組織（WHO）公佈的《國際疾病與相關健康問題統計分類》第 10 版（ICD-10）中，將跨性別者群體間發生，因為性別認同與被指定性別不符所產生的強烈痛苦稱為「性別認同障礙（Gender Identity Disorder）」，而將跨性別者群體中，帶有以異性身份生活在社會中的強烈欲求，希望透過手術或賀爾蒙治療改變身體特徵的情況稱為「易性慾（Transsexualism）」。
直到 2018 年， WHO 公佈第 11 版分類（ICD-11），才將這類情形從「精神與行為障礙」的分類中拿出來，正式去病化，但考量到跨性別群體仍然有醫療協助的需求，於是將這類情形放置到「與性與性別健康相關的情況」類別中，並將被指定性別與性別表達不同的情形，重新命名為「性別不一致（Gender Incongruence）」。
過去，APA 公佈的《精神疾病診斷與統計手冊》第 3 版（DSM-III），也將有著變性欲求的情形稱為「變性慾」，後來的第 4 版（DSM-IV）則改為「性別認同障礙」，但兩者都被歸類為疾病的一種。直到 2013 年公佈的第 5 版（DSM-V），才更改為「性別不安（Gender Dysphoria）」，並用來指那些因為被指定性別與性別表達不一致而感受到痛苦的情形。值得注意的是，性別不安是發生在跨性別者身上的現象，但不代表跨性別者都會性別不安。
雖然跨性別者被專指為性別認同與生理性別不同的人，但由於在概念發展的過程中，醫學是用來理解跨性別者的主要途徑，因此，「跨性別」一詞，也被用來概括行為表現相似而被相互比較的群體，形成一個「跨性別群體（Transgender Community）」，囊括了許多主觀上不認為自己是跨性別的人。
舉例來說，有著變性欲求的人，會被稱為「變性者（Transsexual；TS）」，而與單純的跨性別者不同，因為跨性別者未必都會希望透過手術來改變生理特徵。跨性別群體，也可以包括性別認同與生理特徵一致，但喜歡穿著異性服裝的「異裝者（Cross Dress；CD）」，透過使用或體驗女性用品或生理現象來激起性興奮的「戀物性異裝（Transvestic Fetishism）」或「幻想變性性興奮（Autogynephilia；AG）」，以及本質上否定性別二元的非性別二元者，如雙性別、無性別及流動性別等。
由於不符合社會規範下的性別二元制度，跨性別群體普遍受到來自家庭、校園或職場的異樣眼光、排擠、騷擾、歧視甚至攻擊，一方面，這些偏見形成了跨性別群體資源近用的障礙，難以就業或獲得補助，另一方面，外界的攻擊與自我壓抑也影響了跨性別群體的身心健全。
2015 年，美國國家跨性別平權中心（National Center for Transgender Equality）針對 27715 名跨性別者及非二元性別者進行問卷調查，作成《國家跨性別歧視調查》。報告顯示，在受訪的跨性別者中，約 4 成的人有嚴重的精神壓力，也有 4 成曾企圖自殺，是美國整體自殺率 4.6 % 的 8 倍以上。不僅如此，貧窮人口比例與失業率也分別是當時美國整體的 2 倍與 3 倍，約有 5 成的人受過騷擾或性侵犯，有 6 成的人為了避免尷尬，不使用公共廁所。