被排除在平地原住民之外的「平埔族」
《原住民身分法》將原住民分為「山地原住民」及「平地原住民」，同時規定光復前的原籍在「平地行政區域」內，本人或直系血親尊親屬在戶口調查簿登記上屬於原住民，並曾申請戶籍地鄉（鎮、市、區）公所登記為平地原住民有案者，依法才是「平地原住民」。
一般民眾容易將「平地原住民」混淆為「平埔族」，前者是國民政府來台後實施的原住民族身分制度，後者則是日本政府辦理人口普查及戶籍登記時所登記的種族類別，兩者範圍有所不同，且都不具有當代人類學或民族學的意義。
在清朝時期，清廷將原住民以是否接受清政府管轄，區分「生番」及「熟番」兩類。日本政府來台後，1905 年，日本實施第一次臨時戶口調查時沿襲清政府的分類，在「戶籍簿」的種族欄位上，將居住於台灣的住民分為內地人、本島人、生番人及外國人，其中，本島人又分為在普通行政區的漢人、熟番，後來登記方式有所異動，將「生番」跟「熟番」改為「高砂族」及「平埔族」，並都納入「本島人」的範疇。
中華民國政府來台後，開始將原住民稱為「山地同胞」，台灣省政府於 1954 年明確界定原籍在「山地行政區域」內，且本人或父系直系尊親屬在日治時期種族欄登記為「高山族」或各族名稱的人，才是山地同胞。至於居住於平地的平埔族，則直接被視為「平地人」。
後來，台灣省政府開放日治時期居住於「平地行政區域」內，戶口調查簿被記載為「高山族」的人，可以申請登記為「平地山胞」，但遺失戶口調查簿的人，可以檢具證明文件向鄉鎮區公所登記。此時，地方政府開始出現「熟番」或「平埔族」是否能登記為「平地山胞」的疑問。於是，省政府也開放從日治時期起持續居住在「平地行政區域」內，戶籍簿被記載為「熟」的人，申請登記為「平地山胞」。
到了1994年，我國憲法正式將「山胞」正名為「原住民」，同時將「平地山胞」及「山地山胞」分別正名為「平地原住民」及「山地原住民」，並分別賦予立法委員各 3 席代表權。至此確立我國原住民族身分制度，並沿用至今。
不過，由於「平地原住民」登記只在 1956 年至 1963 年間，短暫開放過 4 次，每次只維持短短 2、3 個月。換句話說，在日本時期被登記為「平埔族」或「熟番」的人，在中華民國來台後，如果未能在開放登記為「平地原住民」的期間申請登記，就無法取得「平地原住民」身分。
爭議即在於：台南縣政府戶政機關在這段期間，未曾公告受理人民申請登記，數十年後才發現曾經有這項政策，導致當時保留西拉雅認同的人，不知道要登記而錯失了取得法定原住民身份的機會，因此才會出現西拉雅族人錯過登記為平地原住民的機會，進而發生此次憲法訴訟的爭議。
誰是「西拉雅人」？
西拉雅屬於台灣平埔族群。目前已知最早對西拉雅人的文獻記載，是大明文人陳第 1603 年所著的《東番記》。16 世紀，由於海盜侵擾大明邊防，又以「東番」（台灣）為根據地，將軍沈有容便招募漁民到台灣洞察地勢、練兵並攻打海盜。勝利後，沈有容的軍隊在「大員」（台南安平）駐紮，同行的陳第藉機記錄下當地原住民的風俗民情。
根據《東番記》的記載，當時台灣到處都有部落零散分佈，以「社」為單位。西拉雅人善於跑步、以武力解決社外爭端，從事稻作與狩獵，幾乎不穿衣服，也沒有曆法或文字，但有飲酒、舞蹈及歌謠的文化，甚至有處理公共事務的場所「公廨」，以及特有的交往及婚姻制度。
在陳第後不久，1624 年荷蘭東印度公司進入台灣，數年後，荷蘭改革宗教會牧師甘治士（George Candidius）來台，接觸新港社的西拉雅人，寫下《福爾摩沙島的對話與簡短的故事》（又稱《台灣略記》）。《台灣略記》中對西拉雅族的描述大致與《東番記》類似，但另外提及了西拉雅人的宗教與墮胎習俗。
在《台灣略記》中，西拉雅人原是多神信仰，信奉「塔瑪吉山哈」（Tamagisangach）、「薩里阿非」（Sariafay）兩名主神及其他神祇。公廨除了作為討論公共事務的場所，也是神職人員「伊紐布斯（Inibs）」（又稱「尪姨」）（多為女性）用來獻祭與祈求神明的宗教場所。西拉雅人會將米、豬、飲料及其他土產擺在公廨前，由祭司發表談話招喚神明，而神靈會降臨在祭司身上，祭司會顫抖，周遭的族人則會哭泣。
西拉雅人相信尪姨能帶領大家趨吉避凶，如果違背指令則會觸怒神靈。依據《台灣略記》的記載，西拉雅人規範女性在 37 歲之前不能生小孩，如果在 37 歲前懷孕，女性將會被帶到祭司面前躺著，由祭司推擠懷孕者的腹部，直到胚胎流出。
由於多神信仰及流產與基督教信仰有所衝突，在荷蘭牧師的佈道下，西拉雅人信奉的神靈漸漸減少，流產習俗也消失，西拉雅人轉變為信奉主神「阿立（Alid）」，以壺、罐等器皿盛裝清水，代表祖靈休憩的所在，並以花朵枝葉裝飾並祭拜。荷蘭人因為傳教，改變了西拉雅人的文化，但也以羅馬拼音記載西拉雅語，書寫聖經、教義問答及契約書，留下「新港文書」，為後來的語言研究奠定基礎。
1661 年，鄭成功擊敗荷蘭人，開始統治台灣。為了解決糧食問題、實踐「反清復明」，鄭氏王朝採取「寓兵於農」的政策，鼓勵漢人大量開墾土地，限縮了平埔族群的生存領域。由於平埔族群採取游耕的生活模式，未必會長期留在同一塊土地上，隨著大清勢力進入台灣，將許多無主地歸為「官地」，平埔族群的生活空間再度被限制。
 《番社采風圖》。資料來源：中央研究院歷史語言研究所。
直到 1874 年美國鳥類學家喬瑟夫．史蒂瑞（Joseph Beal Steere）拜訪台南岡仔林部落時，部落裡大部分人都已經不會講原本的語言，只剩下年過八旬的老婦人還能說一些西拉雅語單詞。